Una complicación rara de la enfermedad son los calambres musculares, la osteoporosis, la desnutrición aguda y evidente con protuberancias y ascitis en las extremidades. La enfermedad puede afectar el sistema nervioso de una manera desconocida, lo que conduce a entumecimiento de las extremidades con ataxia cerebral debido a su calcificación en el cerebelo, y las enfermedades asociadas, que los médicos han notado en pacientes con intolerancia al trigo más que otras personas con enfermedades alérgicas y autoinmunes , que incluyen la enfermedad de Hashimoto que afecta la glándula tiroides y la diabetes tipo I y la enfermedad de Schugren, y enfermedades asociadas, así como la enfermedad inflamatoria intestinal, enfermedad hepática crónica, epilepsia y cirrosis biliar primaria
La deficiencia de antibióticos también es más común en personas con alergias al trigo, y las complicaciones a largo plazo de la osteoporosis ocurren incluso en pacientes que se adhieren a alimentos sin gluten.