El Parkinson afecta los nervios que secretan la dopamina. Destruye el nervio transferido de la sustancia atrapada en el cerebro medio a los ganglios basales. En la anatomía post mortem, el material atrapado se ve afectado por la desaparición de melanina en él.
Bajo el microscopio, hay una pérdida de muchos nervios en el área de la sustancia, y cuando el examen microscópico de los nervios restantes, hay objetos distintos dentro de estas neuronas llamados cuerpos de Lewy. Los síntomas de la enfermedad de Parkinson generalmente ocurren después del 60-80%. Cuando se pierde la dopamina, los otros neurotransmisores aumentan especialmente el portador colinérgico, ya que la deficiencia de dopamina y el aumento del transporte colinérgico conducen a la enfermedad de Parkinson.